1 ATOMS
软件介绍：ATOMS用来画制晶体结构的软件，将CIF文件转成三维晶体形式，是一个程序用于绘制所有类型的原子结构，包括晶体，聚合物和分子。它可以制作完全“三维”彩图，使用最新的系统软件，或者在出版物上，它可以使简单的图式黑白图画在小范围内复制——或者几乎任何这些极端情况之间。
2 Hyperchem
软件介绍：Hyperchem是一款以高质量、灵活、易操作而闻名的分子模拟软件，可通过3D对量子化学进行一个全面的计算，有着方便的模拟工具、美观的图形界面，可通过量子化学的半经验方法（AM1、PM3等）、从头算方法（UHF、RHF、CI等）、密度泛函方法进行计算，进行单点能、几何优化、分子轨道分析、蒙特卡罗和分子力学计算、预测可见-紫外光谱等功能。
3 ChemDraw
软件介绍：ChemDraw作为ChemBioOffice核心工具之一，是一款专业的化学结构绘制工具，它是为辅助专业学科工作者及相关科技人员的交流活动和研究开发工作而设计的。它给出了直观的图形界面，开创了大量的变化功能，只要稍加实践，便会很容易地绘制出高质量的化学结构图形。
4 Diamond
软件介绍：Diamond是Crystal Impact GbR公司开发研制的一款化学软件。Diamond可以画出晶体结构的球棍模型图、密堆积、线形图、热椭球图和立体图，也可以用于晶体局部结构的绘制、编 辑。其结果可以以BMP、GIF、JPGE等图片格式输出，同时也可以用复制粘贴命令将绘制的图片文件直接放入文档。该软件还可以对构建的晶体结构进行转 动、放大、缩小等操作，同时记录其运动过程，制成动画文件，在其他多媒体播放器中播放。
5 CrystalMaker
软件介绍：CrystalMaker是晶体和分子结构可视化软件，从金属到沸石，苯到蛋白质， CrystalMaker是了解晶体和分子结构的最简单方法。CrystalMaker软件是一款在创建、显示和操作各种晶体分子结构中屡获好评的软件。CrystalMaker在生产力方面提供了一个流线型的工作流程，您只需把您的数据文件拖拉到程序中便可即时显示照片般逼真的色彩。用鼠标就可以实时操作晶体结构。
6 Materials Explorer
软件介绍：Materials Explorer是一个多功能分子动力学软件，立足于Windows平台的多功能分子动力学软件。拥有强大的分子动力学计算及Monte Carlo软件包，是结合应用领域来研究材料工程的有力工具。Materials Explorer可以用来研究有机物、高聚物、生物大分子、金属、陶瓷材料、半导体等晶体、非晶体、溶液，流体，液体和气体相变、膨胀、压缩系数、抗张强度、缺陷等。
7 Materials Studio
软件介绍：Materials Studio是新一代材料计算软件，可以帮助你解决当今化学、材料工业中的一系列重要问题，使化学及材料科学的研究者们能更方便地建立三维结构模型，并对各种晶体、无定型以及高分子材料的性质及相关过程进行深入的研究。多种先进算法的综合应用使Materials Studio成为一个强有力的模拟工具。无论构型优化、性质预测和X射线衍射分析，以及复杂的动力学模拟和量子力学计算，我们都可以通过一些简单易学的操作来得到切实可靠的数据。任何一个研究者，无论是否是计算机方面的专家，都能充分享用Materials Studio软件所带来的先进技术。Materials Studio软件能使任何研究者达到与世界一流研究部门相一致的材料模拟的能力。模拟的内容包括了催化剂、聚合物、固体及表面、晶体与衍射、化学反应等材料和化学研究领域的主要课题。
8 CorelDRAW
软件介绍：CorelDRAW是一个专业图形设计软件，专用于矢量图形编辑与排版，借助其丰富的内容和专业图形设计、照片编辑和网站设计软件，能够结合科研中其它绘图软件做出既满足设计者功能需求，又满足阅读者视觉美观要求的图片。
9 Origin
软件介绍：Origin具有两大主要功能：数据分析和绘图。Origin的数据分析主要包括统计、信号处理、图像处理、峰值分析和曲线拟合等各种完善的数学分析功能。准备好数据后，进行数据分析时，只需选择所要分析的数据，然后再选择相应的菜单命令即可。Origin的绘图是基于模板的，Origin本身提供了几十种二维和三维绘图模板而且允许用户自己定制模板。绘图时，只要选择所需要的模板就行。用户可以自定义数学函数、图形样式和绘图模板；可以和各种数据库软件、办公软件、图像处理软件等方便的连接。
10 SHAPE
软件介绍：SHAPE是一个程序用于绘制外部形态（表面）的水晶和准晶体，并绘制部分的晶体。它将绘制任何单晶和大多数双胞胎和外延共生。前面这是个主要是材料相关的，下载链接：http://pan.baidu.com/s/1eSxN6cq下面是化学常用的绘图软件：
ChemOffice系列ChemOffice是美国剑桥公司的研究开发的桌面化学软件，功能非常强大。主要包括：
11 ChemDraw
ChemDraw是世界上最受欢迎的化学结构绘图软件，是各论文期刊指定的格式。也是大家在使用ChemOffice时用得最多的软件，主要有以下功能：
AutoNom：是Beilsteiny最强的软件，现已内含在ChemDraw Ultra内，它可自动依照IUPAC的标准命名化学结构。
ChemNMR：在ChemDraw 内预测13C和1H的NMR光谱，节省实验的花费。
ChemProp：预测BP、MP、临界温度、临界气压、吉布斯自由能、logP、折射率、热结构等性质。
ChemSpec：可让输入JCAMP及SPC频谱资料，用以比较ChemNMR预测的结果。
ClipArt：高品质的实验室玻璃仪器图库，可搭配ChemDraw使用。
Name=Struct：输入IUPAC化学名称后就可自动产生ChemDraw结构。
12 Chem3D Ultra
Chem3D Ultra 提供工作站级的3D分子轮廓图及分子轨道特性分析，并和数种量子化学软件结合在一起。由于Chem3D提供完整的界面及功能，已成为分子仿真分析最佳的前端开发环境。主要有以下几个功能：
Excel Add-on：与微软的Excel完全整合，并可连结ChemFinder。
Gaussian Client：量子化学计算软件Gaussian 98W的客户端界面，直接在Chem3D运行Gaussian，并提供数种坐标格式。（需要安装Gaussian 98W）CS GAMESS：量子化学计算软件GAMESS的客户端界面，直接在Chem3D运行GAMESS的计算。（需要另外获得GAMESS）MOPAC Pro：Fujitsu的量子化学计算软件MOPAC已内含在Chem3D Ultra内，搭配Chem3D的图形界面。分子计算的方法有AM1、PM3、MNDO、MINDO/3和新的MINDO/d。可以计算瞬时的几何形状及物理特性等。
13 ChemFinder
ChemFinder（化学信息搜寻整合系统），可以建立化学数据库、储存及搜索，或搭配ChemDraw、Chem3D使用，也可以使用现成的化学数据库。
ChemFinder是一个智能型的快速化学搜寻引擎，所提供的ChemInfo是目前世界上最丰富的数据库之一。
官方网站：http://www.cambridgesoft.com/software/ChemOffice
14 ACD/ChemSketch
ChemSketch是高级化学发展有限公司（ACD）设计的用于化学画图用软件包，该软件包可单独使用或与其他软件共同使用。该软件可用于画化学结构、反应和图形。也可用于设计与化学相关的报告和演讲材料。该软件一个重要功能是能够自动计算所绘结构式的分子式、分子量、摩尔体积、摩尔折射率、折光率、表面张力、密度、介电常数、极化率等数据，免除人工计算的烦恼。
官方网站：http://www.acdlabs.com/products/chem_dsn_lab/chemsketch/
15 ISIS/Draw
ISIS/Draw是Symyx 公司推出的智能化学绘图软件，能自动识别化合价、键角和各种环，能绘制包括复杂的生物分子和聚合物等化学结构，操作简单，使用方便，可剪贴ISIS/Draw结构图到MicroSoft Word、Excel、PowerPoint等其它软件，具有很好的兼容性。曾经是化学结构式绘制领域最流行的软件，但目前似乎Chemdraw比它更具有影响力。
官方网站：http://www.mdl.com/products/framework/isis_draw/index.jsp
16 ChemWindow
ChemWindow是SoftShell公司推出的化学绘图软件，主要功能是能绘出各种结构和形状的化学分子结构式及化学图形，可直接采用工具箱中的各种图标进行操作，非常快速、便捷。大量的结构式模板，使用起来非常方便。它还具有一般其它绘图软件所不具备的化学分子图形编辑功能。并能提供许多实验仪器进行组装，可作为演示工具等。ChemWindow运行于Windows平台下，可与Microsoft Word、PowerPoint等软件联用，兼容性好。
官方网站：http://www.softshell.com/